PayPay残高の端数を使いきれないようにさせているのがよく考えられています。。
PayPay利用時の注意点
自分の認識では、PayPay残高が残り少なくなっていて決済時に足りなかった場合、
自動的に足りない分を登録しているクレジットカードで引き落とすのかと思いきや、
その決済は全額クレジットカード決済になるようです。

全額って所がミソですよね。
PayPayで決済すると、翌月にPayPay残高がキャッシュバックされるのですが、
自分はコンビニ等での少額決済でしか利用しないため、
そのような場合のキャッシュバックされた僅か数円のPayPay残高では、全額支払いするのが難しくなります。

こうなると、永遠にPayPay残高を使い切ることが出来なくます。
残高があっても、少額過ぎて使い道がなければPayPay陣営の思うツボ。
※もちろん銀行口座からチャージすることが出来るので、残高を増やす事は可能です。
楽天ペイだと、ポイントを使い切って、残りを登録しているクレジットカードで決済、
というやり方が可能なので親切ですね。